日本列島は四方を海に囲まれ、また多くの火山、温泉が存在し、同様に多くの鉱山・鉱床が点在しています。
これらの自然環境中には、様々な有害重金属類が含まれており、国が定めた基準を超過する濃度で検出されることも、日本全国各地でみられます。

• 鉱山→砒素・カドミウム・鉛　等
• 温泉→ほう素・砒素　等
• 花崗岩→ふっ素　等
• 蛇紋岩→クロム
• 海水→ほう素・ふっ素　等
• 海成堆積物→砒素・鉛・ふっ素　等

JIAでは、自然由来重金属類評価研究会の設立メンバーの一員として、多くの自然由来の土壌汚染（有害重金属類）の調査、判定を行っています。
また、同研究会が行っている審査（指定基準に適合しなかった重金属類が人為的な汚染に起因するものか、自然由来のものかの判定）の受審サポート調査を行っています。

自然に由来する重金属類が広く存在する我が国において、その一部は土壌汚染と判断され、対策方法や土地取引等に大きな影響を与えています。
自然由来重金属類評価研究会では、自然由来重金属類の実態を研究すると共に、人為行為に起因する重金属類と、自然由来重金属類とを科学的に評価・識別するための技術を確立し、その普及に努めています。
さらに、自然由来の重金属類の実態と土地の用途に基づき、土地の評価と取引を円滑に行うための基礎情報を社会に提供することを目的としています。

詳しくは、自然由来重金属類評価研究会のホームページをご覧ください。

平成15年2月15日に施行された土壌汚染対策法（旧法）においては、指定基準を超過する特定有害物質が専ら自然由来の可能性が高いと判断できる場合の土壌については適用の対象外とされていました。

しかし平成22 年4 月1 日の改正土壌汚染対策法施行に伴い、それが人為か自然的原因かに関わらず法の対象となることになりました。